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本文一览：
对SNP的VCF文件质控筛选
1、注释主要包括一些软件参数和文件信息，例如 vcf注释信息1 vcf注释信息2 可以看出，注释中标出了样本名，筛选参数（Hard—Fliter），筛选用的个软件以及对应的genome信息文件，分析路径，snpeff注释文件的一些信息。
2、什么是VCF CVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。
3、群体遗传大部分的分析大部分基于VCF文件，所以得到一个高质量的VCF文件很有必要。在此记录一下从重测序的fastq文件提取SNP，过滤VCF的一系列流程。
4、当然我们也可以看一下SNP的分布情况。注意右下角的图。用 chromoqc（） 可以对数据进行更完整的可视化。包括外显子内含子的分布，GC含量的分布等等。最后可以用函数 write.vcf（） 把数据输出成新的vcf文件。
5、什么是VCF文件：全称“The variant call format”，变体调用格式，是一种用于存储DNA多态性数据如snp、插入、删除和结构变体和丰富注释的通用格式。
6、提取基因X的基因区SNP （2） 重新编码vcf文件的基因型 我们这里主要针对双等位基因vcf文件进行分析，vcf中包含./.，0/0，0/1，1/1四种基因型。
基因组Survey(二代测序数据质控)
Illumina 测序碱基质量值的范围是[0，40]，即ASCII值表示为[B，h] 戒 [#，I]。Illumina 测序错误率不测序质量值简明对应关系。
Survey一般测序量为预估基因组大小的30-50X（二代测序）。
二代测序又称为高通量测序（High-throughput sequencing），是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。关于二代测序的临床应用：二代测序作为一种检测手段，主要应用于基因的生殖变异（遗传性）与体细胞变异（获得性）的检测。
质量控制的测序质量检测是通过FastQC软件实现。fastqc可以不设置任何参数运行，这样会直接在当前目录下生成一个质量报告的压缩文件和文件夹，报告是网页格式。也可以设置输出目录和是否解压缩（--noextract），默认设置会解压缩。
contig是基因组组装过程中得到的一系列相邻的 DNA 片段。 kmer是基因组序列中的长度为 k 的不重复 “单词”，用于基因组组装的信息单元。
【生信基础】数据质控软件fastp
1、fastp是一款非常棒的数据质控的软件，可以过滤低质量的reads，去除adapter ，数据截取，生成质控报告等等，由于其是C语言撰写的，速度非常快。
2、常规的质控和过滤数据是 fastqc+trimmomatic ，据说fastp更快，而且一次完成质控过滤和出图。fastp的github fastp的出版地址 本地路径 /home/chaim/disk/soft/fastp/fastp 添加环境变量 之后即可全局调用fastp。
3、预测基因。 EVM ：对收集到的这些数据进行整合，获得非冗余外显子集合，从而定义出更加可靠的基因结构。（整合基因结构） fastp ：最新的质控软件。 Hisat2 ：质控之后的比对软件。
4、可以，ffastp要一次输入多个双端组，不必用第一个输入的数来做控制。
5、结果文件夹中也没有对应的文件，重置task在运行即可。后面会根据raw_data（缩减后）--clean_data的数据，展示质控前后数据质量的变化。
6、数据预处理：有些测序reads可能包含测序接头、引物序列、低质量碱基、N含量较高，因此通常需要对测序数据进行预处理，去除这些不合格的碱基或reads。常用的软件有fastp，cutadpater以及Trimmonmatic等。
wps版Excel怎么制作检验室质控图
选[_a***_]制图中的点→右键→选择图表选项。在图表选项中选择散点图，然后确定。选中刚刚的散点，双击，弹出数据系列格式，选项如图十二所示。其中，百分比的数据最小为：X轴组数×100，本例有25组，故为2500。
如果想检验选用来制作控制图的20组数据是否符合要求，可以将、R作为新序列加入图表。
打开WPS Excel软件，并创建一个新的工作表或打开一个包含数据的现有工作表。 在工作表中选择含有需要制作图表的数据区域，包括行和列的标题。 在顶部菜单栏中找到并点击插入选项卡。
首先新建一个wps表格，并输入相关的数据。操作步骤/方法首先下载安装wps软件，并打开。打开需要制作图表的excel表格。然后进入编辑页面进行编辑。选择下方工具栏第一个选项--插入--图表。
打开excel表格，在表格输入需要制作柱形图的数据，选中数据单元格。插入表格后，表格的系列名称和取数都是基于之前输入的数据而来。回到数据单元格内，将A列中的系列名称修改为“修改1”。
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